El Archivo del Nacionalismo reúne una importante documentación histórica comprendida en distintos fondos de Archivo, Biblioteca y Hemeroteca. Su principal valor es que la mayor parte de los originales conservados y clasificados aquí se generaron en su mayoría durante la dictadura, clandestinidad y exilio.
Entre los fondos de archivo destacan los archivos del Partido Nacionalista Vasco desde su creación incluidos los fondos del EBB desde el comienzo de la guerra del 36, que se generaron y conservaron sucesivamente en diversas villas de Lapurdi. Además, se ha recogido y catalogado la documentación escondida en Euskadi Sur: actas del EBB de la época de la Segunda República y documentación del Servicio de Información de los años 40, elaborada por miembros del EBB y remitida a la organización clandestina del PNV en el interior (EBB clandestino en el interior).
También se conservan archivos de asociaciones políticas como Emakume Abertzale Batza; asociaciones culturales como Sabindiar Batza o Euzkal Kulturaren Alde (E.K.A.); empresas (Naviera Sota, Compañía Minera de Setares); archivos particulares (hermanos Arana Goiri, familia Sota, familia Zabala Azkue...); presencia vasca en Europa y América; y colecciones de mapas, planos, carteles, panfletos, postales o pegatinas. El material fotográfico supera las 25.000 instantáneas históricas.
Por otro lado, es indispensable volver a destacar la presencia en el Archivo del Nacionalismo de cientos de donaciones de particulares, a partir de la creación de Sabino Arana Fundazioa (1988) y, sobre todo, de la rehabilitación e inauguración del edificio Meñaka que acoge las instalaciones del archivo (1993).
Actualmente hay organizados una serie de fondos que se pueden consultar en el apartado Inventarios.